Iako je njegova karijera obilježena remek-djelima, Scorsese nije pošteđen kontroverzi. Film Taxi Driver iz 1976. izazvao je polemike zbog prikaza nasilja i kontroverzne tematike, poput maloljetne prostitucije. Kritičari su pozivali Scorsesea da jasnije osudi takvo ponašanje svojih likova. Prije nego što je otkrio strast za kino, Scorsese je htio postati svećenik. Mnogi njegovi filmovi se vrte upravo oko pitanja vjere, a s filmom Posljednje Kristovo iskušenje (1988.) je razljutio konzervativne katolike. Projekciju filma su popratili i protesti, a bio je zabranjen u mnogim zemljama. Isto tako, Scorsese se našao na meti Marvelovih fanova nakon izjave da Marvelovi filmovi o super-junacima za njega nisu kino. On ih je usporedio sa zabavnim tematskim parkovima, te je argumentirao kako im nedostaje emocionalne i psihološke dubine. Rasprave o rijetkim ženskim likovima u njegovim djelima se ponovno zahuktala 2019. godine nakon objave The Irishmana – filma koji traje tri i pol sata, i u kojem ženski likovi izgovore tek nekoliko rečenica. Dok Scorsese nastavlja svoj nevjerojatan doprinos sedmoj umjetnosti, kontroverze oko njegovih filmova podsjećaju nas na složenost umjetnosti i njezine interpretacije. (DW)